พระเทพศากยวงศ์บัณฑิต สำเร็จการศึกษาศาสนศาสตรบัณฑิต (ศน.บ) จากคณะสังคมศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัย ในปี 2525 และศึกษาต่อระดับปริญญาโท ด้านมานุษยวิทยาจากมหาวิทยาลัยตรีภูวัน ประเทศเนปาล ในปี 2530 นอกจากนี้ยังได้ศึกษาต่อระดับปริญญาโท ด้านมานุษยวิทยาสังคม จากวิทยาลัยไครสต์คอลเลจ (Christ College) มหาวิทยาลัยเคมบริดจ์ ประเทศอังกฤษ โดยทุนพระราชทานจาก พระบาทสมเด็จพระมหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร ในปี 2537 แล้วศึกษาต่อระดับปริญญาเอก ด้านมานุษยวิทยาสังคม จากมหาวิทยาลัยบรูเนล กรุงลอนดอน ประเทศอังกฤษ โดยทุนพระราชทานจาก พระบาทสมเด็จพระมหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตรอีกเช่นกัน สำเร็จในปี 2543